昌都总地势西北部高，东南部低，最高海拔为5460米，最低海拔约3100米，平均海拔3500米以上。不少山峰耸立于雪线以上，其中念青唐古拉山主峰高达7111米，万丈冰峰，银装素裹。

昌都西北部山体较完整，分水岭地区保存着宽广的高原面。东南部山体被切割成星罗棋布状。谷地由北向南逐步加深，岭谷栉比，河谷深切，仅有零星残存的高原面。高原主要分布在他念他翁山北段和宁静山，海拔在4000—4500米以上；在北纬30°以南，为典型的高山峡谷区，河谷底海拔2500—3500米。

昌都山脉为南北走向，三条大江与三列山脉相间分布，平行骈走。从西向东依次是伯舒拉岭、怒江；他念他翁山、澜沧江；达玛拉山－宁静山、金沙江。山脉海拔多在4000—5000米左右，山脉之间有深邃的河谷，山岭与河谷的高差达1000—2000米。